Es dificil decir cual es el mejor messenger para Linux, unos dirían que pidgin por ser multiprotocolo, otros que amsn, los amantes de kubuntu que kopete, es un tema largo pero al final queda en el gusto personal.

Para mi uno de los mejores es emesene, ¿Porque?, pues varias razones. En lo personal me quede con este porque te permite hablar con contactos aunque estes con estado No conectado o Invisible (ya saben para esos momentos en los que deseas estar a solas pero al pendiente de quien se conecta XD), ademas que se puede personalizar casi todo (sonidos, iconos, skins) y de forma simple. Para instalarlo basta con escribir en una terminal:

sudo apt-get install emesene

o podemos descargarlo desde su pagina oficial http://www.emesene.org/

Y para abrirlo vamos a Aplicaciones -> Internet -> Emesene y tendran algo como esto.

Listo.